Baş Pasport, Qeydiyyat və Miqrasiya İdarəsinin strukturu:
1. Pasport idarəsi;
2. Qanunsuz miqrasiyaya qarşı mübarizə idarəsi;
3. Qeydiyyat və şəxsiyyət vəsiqəsi şöbəsi;
4. Təşkilati və analitik iş şöbəsi;
5. Maliyyə şöbəsi;
6. Katiblik;
7. Milli Avtomatlaşdırılmış Pasport Sistemi üzrə məlumat şöbəsi (MAPS);
8. Respublikanın bölgələri üzrə regional şöbələri: